在生物医药和基因工程领域,质粒作为重要的工具载体,扮演着不可替代的角色。从基因克隆到表达载体构建,再到基因治疗和疫苗开发,质粒的准确性和稳定性直接决定了实验结果的成功与否。为了确保这些关键环节万无一失,质粒测序的重要性不言而喻。
质粒测序技术大比拼
当前主流的质粒测序技术各有千秋,不同的质粒测序方法各有优缺点,适用于不同的实验需求和场景。
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质粒测序(一代测序)是指对多克隆位点及插入片段这个区域进行测序,而默认质粒的骨架区都是符合预期的序列。
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全质粒测序是指对质粒全部序列进行测序,覆盖质粒骨架(如复制起点、抗性基因、多克隆位点)和插入片段,确保质粒构建的准确性与完整性,及实验数据的严谨和完整。基于测序平台的不同,主要有二代高通量测序和三代单分子测序,两者在技术原理、应用场景及成本效率上存在显著差异。
特点 |
一代测序(Sanger 测序) |
二代测序(NGS) |
三代测序(单分子测序) |
测序原理 |
双脱氧链终止法 |
SBS 测序 |
纳米孔或单分子荧光测序 |
读长 |
700-1000 bp |
短读长(50-300 bp) |
长读长(10 kb-数 Mb) |
通量 |
低,单次运行只能处理少量样本 |
极高,一次运行可以处理大量样本 |
中等到高,取决于具体平台和技术 |
错误率 |
低(<0.1%,依赖覆盖率) |
低(<0.1%) |
较高原始错误率(PacBio HiFi:<0.1%;Nanopore:<5%) |
耗时 |
慢(单样本需数小时) |
中等(数小时至数天) |
快(Nanopore 可实时输出数据) |
成本 |
单样本成本高(适合小规模) |
单样本成本低(适合大规模) |
单次运行成本高(适合长读长需求) |
应用场景 |
-验证已知质粒(如克隆插入片段) -确认点突变或小片断变异-Sanger 测序验证 NGS/三代结果 |
-大规模质粒文库筛选(如 CRISPR 编辑后筛选) -检测低频突变(需高覆盖度) -简单结构质粒的高精度测序 |
-解析复杂质粒结构(大片段重复、环状 DNA) -全长质粒组装(无需拼接) -甲基化修饰分析 -便携快速测序 |
不同测序技术如何选择
选择合适的质粒全测序解决方案需要根据具体需求(精度vs.结构解析)和实验条件(预算、设备)来决定,根据测序目的、预算和样本特性选择合适的技术平台,必要时可结合两者(如用三代测序组装骨架,二代测序校正突变)。随着技术成本下降和便携化发展,实时、长读长测序将成为质粒分析的主流选择。
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常规验证:首选一代或二代测序。
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复杂质粒:必须使用三代测序。
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科研深度分析:联用二代和三代提升准确性。
质粒全测序产品解决方案
Hieff NGS® PreMix Fast Tagment DNA Library Prep Kit for Illumina® (for1 ng)(Cat#17214)
建库流程:质粒-转座酶片段化-文库扩增-纯化(约1.2 h)
产品特色:
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组分精简,扩增酶和index预混,减少手工操作时间;
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板式包装,兼容手工建库和自动化;
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严格的批次性能与稳定性质控。
Hieff® DNA Library Prep Kit for ONT(Cat#13301)
建库流程:质粒-线性化-末修加A-barcode连接-纯化-接头连接-纯化(约2 h)
产品特色:
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操作简便:末端修复、加A尾一步完成,产物无需纯化,可直接进行Barcode接头连接
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兼容广泛:可兼容动物、植物、微生物等多种样本;兼容gDNA和扩增子样本
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数据表现优异:文库产出高、测序数据质量好
5981cc万洲国际匠心研发多款适配质粒测序的产品满足众多客户的不同需求,助力科学研究、临床检测更精准、更快捷!
质粒测序文库构建产品选择指南
类型 |
货号 |
产品名称 |
备注 |
质粒提取 |
18542ES |
MolPure® Magnetic Endo-free Plasmid Mini Kit磁珠法去内毒素质粒小量提取试剂盒 |
1-5 mL菌液提取 |
18543ES |
5~20 mL细菌培养液中提取高达90 µg的去内毒素质粒DNA |
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二代文库构建 |
17214ES |
Hieff NGS® PreMix Fast Tagment DNA Library Prep Kit for Illumina® (for1 ng) |
转座酶法建库 |
线性化 |
15003ES |
EcoR I、BamHI 、Xho I 等,这些酶可以在特定序列处切割DNA。Sma I或XbaI,如果需要在多克隆位点(MCS)外切割。 |
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15033ES |
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15012ES |
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三代文库构建 |
13301 ES |
ONT平台DNA建库,标签连接法 |
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配套产品 |
12601ES |
磁珠 |
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12643ES |
质粒定量 |
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12642ES |
文库定量 |
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12416ES |
接头引物,Illumina平台 |