如何选购甲基化敏感的内切酶
初识DNA甲基化
表观遗传学是指在基因组的核苷酸序列不发生改变的情况下，生物个体表型却发生了可遗传性变化的现象。DNA甲基化是目前研究最深入的表观遗传修饰，是指在DNA甲基转移酶的催化下，以S-腺苷甲硫氨酸为甲基供体，将活性甲基转移至DNA链中特定碱基的化学修饰过程。
图1.胞嘧啶甲基化的过程
DNA甲基化可以发生在胞嘧啶的C-5位、腺嘌呤的N-6位、鸟嘌呤的N-7位等，它们分别由不同的DNA甲基化酶催化，生成5-甲基胞嘧啶（5-mC）、N6-甲基腺嘌呤（N6-mA）及7-甲基鸟嘌呤（7-mG）。在哺乳动物中，主要生成为5-甲基胞嘧啶（5-mC）。
限制性内切酶的甲基化敏感性
对于甲基化敏感的内切酶而言，当甲基化位点与限制性内切酶识别序列发生重叠，酶切会受到阻断或影响，可分为两种情况：
- 酶切位点被甲基化后，无法切割的甲基化敏感的限制性内切酶；
- 酶切位点被甲基化后才能切割的甲基化敏感的限制性内切酶，如DpnI；
一般是下列3个甲基化最为常见：
- Dam甲基化：在GATC序列中腺嘌呤N6位发生甲基化。
- Dcm甲基化：在CCAGG和CCTGG序列中第2个胞嘧啶C5位发生甲基化。
- CpG甲基化：CpG甲基转移酶将甲基转移到C残基的C5位置。（真核生物DNA的CpG甲基化是分布最为广泛的一类甲基化修饰模式）。
图2 .Dam、Dcm、CpG甲基化示意图
甲基化敏感的限制性内切酶清单
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货号 |
名称 |
识别位点 |
无法切断的序列 |
CpG |
dam |
dcm |
无法切断的序列 |
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FuniCut® ClaI |
5'-AT↓CGAT-3' |
AT5mCGAT |
□ |
○ |
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(G)6mATCGAT |
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FuniCut® EagI |
5'-C↓GGCCG-3' |
5mCGGC5mCG |
□ |
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FuniCut® MluI |
5'-A↓CGCGT-3' |
A5mCG5mCGT |
□ |
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FuniCut® NheI |
5'-G↓CTAGC-3' |
GCTAG5mC(G) |
□ |
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FuniCut® NotI |
5'-GC↓GGCCGC-3' |
G5mCGGC5mCGC |
□ |
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FuniCut® SalI |
5'-G↓TCGAC-3' |
GT5mCGAC |
□ |
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FuniCut® SmaI |
5'-CCC↓GGG-3' |
CC5mCGGG |
□ |
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FuniCut® ApaLI |
5'-G↓TGCAC-3' |
GTGCA5mC(G) |
□ |
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FuniCut® NruI |
5'-TCG↓CGA-3' |
T5mCG5mCGA |
□ |
○ |
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TCGCG6mA(TC) |
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FuniCut® SacII |
5'-CCGC↓GG-3' |
C5mCG5mCGG |
□ |
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FuniCut® BstBI |
5'-TT↓CGAA-3' |
TT5mCGAA |
□ |
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FuniCut® HpaII |
5'-C↓CGG-3' |
C5mCGG |
□ |
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FuniCut® AccI |
5'-GT↓MKAC-3' |
GT5mCGAC |
□ |
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FuniCut® PvuI |
5'-CG AT↓CG-3' |
5mCGAT5mCG |
□ |
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FuniCut® HhaI |
5'-GCG↓C-3' |
G5mCGC |
□ |
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FuniCut® HinP1I |
5'-G↓CGC-3' |
G5mCGC |
□ |
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FuniCut® SnaBI |
5'-TAC↓GTA-3' |
TA5mCGTA |
□ |
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注： |
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